自治区检察院党组明确依托乌鲁木齐铁路运输两级检察院探索疆域内跨行政区划改革路径后，与自治区高级人民法院多次座谈沟通、交换意见，共同确定以法院集中管辖环境资源类刑事案件、民商事案件范围为基础，划分铁路检察院集中管辖的案件范围。
达成一致意见后，自治区检察院党组与自治区高级法院党组得到自治区党委政法委批复同意，分别向最高人民检察院、最高人民法院报告请示推进疆域内跨行政区划集中管辖环境资源类案件改革，得到“两高”的大力支持和指导，分别下发批复，明确了改革的方向和定位。
在此基础上，自治区检察院、自治区高级法院分别印发通知，确定自今年1月1日起，分别调整铁路运输检察院、铁路运输法院职能履行范围，在保留原有职能不变的基础上，增加两项职能：全疆各地原由地方检察院分散管辖的27个环境资源类罪名刑事案件及刑事附带民事诉讼案件改为由铁路运输检察院集中统一受理，实行“捕诉一体”，同步履行立案、侦查监督职能;对应高级法院确定由铁路运输法院集中管辖的环境资源类民商事、行政案件范围，同步履行民事、行政案件检察职能。
随后，自治区检察院指导全疆各级地方检察院、铁路运输检察院就环境资源类刑事案件由地方管辖改为铁路运输检察院疆域内跨行政区划集中管辖，指导、推动各地方检察院与铁路运输检察院共同做好改革的思想准备和工作准备。
6月8日，自治区检察院与自治区纪委监委、自治区高级法院、自治区公安厅、自治区司法厅、乌鲁木齐海关缉私局正式会签《关于铁路运输法院、检察院疆域内跨行政区划管辖环境资源类刑事案件的规定(试行)》(下称《规定》)并印发实施，标志着此项改革全面落地。
《规定》明确细化了环境资源类刑事案件指定铁路运输法院、铁路运输检察院集中管辖的具体内容，详细列明指定管辖环境资源类刑事案件的27个具体罪名;明确提请逮捕、审查起诉案件移送和受理的具体程序;明确提起公诉、开庭审判及交付执行的具体程序;明确人民法院、人民检察院和公安机关、乌鲁木齐海关缉私局进行刑事诉讼时，应当分工负责，互相配合、互相制约，以保证准确有效地统一执行法律。
